Im Landkreis Sächsische Schweiz-Osterzgebirge liegen 26 Naturschutzgebiete (NSG), 18 Landschaftsschutzgebiete (LSG) und insgesamt 263 flächenhafte Naturdenkmale (FND). Bei 18 NSG, 10 LSG und 234 FND ist eine Anpassung der Verordnungen an die neue Rechtslage notwendig, da sie aus der Zeit vor 1989 stammen. Außerdem ist in mehreren Fällen die Neuausweisung von Schutzgebieten notwendig, insbesondere NSG, da die meisten Schutzgebiete in den Jahren zwischen 1960 und 1980 ausgewiesen wurden und viele aus heutiger Sicht schutzbedürftige Biotope und Arten noch nicht berücksichtigen.

Das Verfahren zur (Neu-)Ausweisung von Schutzgebieten erfordert die Beteiligung der Träger öffentlicher Belange (TÖB) und eine öffentliche Auslegung. Als Voraussetzung dafür sind fachlich begründete Würdigungen und flächenscharfe Abgrenzungen der Schutzgebiete erforderlich. Diese Leistungen werden in der Regel in Form von Gutachten durch Planungsbüros oder Sachverständige im Auftrag des Landratsamtes erbracht.

Die flächenscharfe Abgrenzung und klare Definition von Ge- und Verboten in der Verordnung dient der Abstimmung mit den vielfältigen Nutzerinteressen im Schutzgebiet. Im Schutzgebietsverfahren ist eine sorgfältige Abwägung der durch Träger öffentlicher Belange oder betroffene Einzelpersonen benannten Konfliktpunkte und Anregungen aus fachlicher wie rechtlicher Sicht erforderlich.

Im Zuge der Verwaltungsreform ist auch die bisherige Landesaufgabe der Vorbereitung und Führung von Verfahren zur einstweiligen Sicherstellung, Festsetzung und Änderung von Naturschutzgebieten (NSG) sowie die fachliche Bewertung und Erteilung von Befreiungen von Geboten und Verboten der NSG, LSG und FND, Bearbeitung von Widersprüchen im Genehmigungsverfahren an die untere Naturschutzbehörde übergegangen.

Eine weitere wichtige Aufgabe des Referates ist darüber hinaus die Überwachung des Erhaltungszustandes der Schutzgebiete im europäischen Netz "Natura 2000".

Der Landkreis beteiligt sich 2009 am Pilotprojekt "Natura 2000-Gebietsbetreuer". Ziel der Tätigkeit eines N2000-Gebietsbetreuers ist die Umsetzung der Erhaltungsziele in Europäischen Vogelschutzgebieten und Gebieten von gemeinschaftlicher Bedeutung (Natura-2000-Gebiete). Damit soll einer Verschlechterung der Erhaltungszustände entgegengewirkt werden. Es soll eine Ergänzung und Qualifizierung des vorhandenen Betreuungssystems bewirken. Diese "Natura 2000-Gebietsbetreuer" werden von der Landesdirektion bestellt und erhalten dafür eine Aufwandsentschädigung. Ihre Aufgaben werden vom Landratsamt formuliert und überwacht. Die insgesamt 22 Betreuer sollen einerseits die relevanten Veränderungen der Gebietszustände erkennen und bewerten und andererseits vor einem ggf. erforderlichen behördlichen Handeln situationsbezogen Lösungen entwickeln, mit denen Konflikte vermieden werden können.